Scilla trae la sua origine dal mito, le prime notizie fanno risalire la sua nascita intorno al 300 a.C., secondo Polibio era abitata all’epoca della distruzione di Troia (1270 a.C.). Secondo Strabone, invece, la sua origine risale al V secolo a.C.. Prima dei primi presidi greci era abitata dai Tirreni; in seguito nel 737 a.C. si stabilirono i Calcidesi, i quali però dovettero per molto tempo subire le scorrerie dei pirati Tirrenici. Il tiranno di Reggio, Anasilla, distrusse i pirati nascosti in questi luoghi e una volta sconfitta Zancle (493 a.C.) divenne signore di Scilla, badando a fortificarla e ponendovi un presidio armato. Nel 340 a.C i Tirreni rioccuparono Scilla e solo mezzo secolo dopo furono sconfitti ed annientati da Timoleone da Corinto e la città fu sotto la Repubblica Reggina. Scoppiata la guerra tra i Tarantini ed i Romani, fu occupata da quest’ultimi.

Al tempo in cui Roma subì la ribellione degli schiavi guidati da Spartaco, fu teatro di una celebre battaglia tra Crasso e Spartaco, che fortificatosi e circondato dai Romani, una volta persa ogni speranza di passare lo Stretto, rifece la via della Lucania. Finita la guerra servile la città ebbe un periodo di pace. Nel 42 a.C. Scilla venne di nuovo fortificata e nelle sue acque si rifugiò la flotta di Ottaviano per sfuggire allo scontro con quella di Pompeo.Poche le notizie sui primi secoli dell’era cristiana, si conosce solo che San Girolamo, nel suo viaggio verso la Palestina nel 385, vi soggiornò per brevissimo tempo. Scarse anche le notizie durante le prime invasioni barbariche, sappiamo che nel 456 fu interamente distrutta dai Vandali. Cessate le invasioni dei Barbari, intorno l’anno 1000, fu occupata dai Normanni che vi stabilirono una sede del Magistrato. Nel 1036 le forze Bizantine occuparono Scilla e nel 1060 vi fondarono il famoso monastero dei P.P. Basiliani ed una chiesa itolo-greca.

AI tempo della conquista dei Normanni il castello di Scilla, dove si erano fortificati molti greci, fu assediato e si arrese per fame. Roberto il Guiscardo lo presidiò affidandone ad un tale Costa Condomicita il comando; successivamente il Costa si ribellò e si costituì padrone della città. Fu questo il primo modello di Feudalesimo, ma gli Scillesi mal sopportando la Signoria, dopo pochi mesi, lo scacciarono, e Ruggiero, conte di Sicilia, concesse loro, in premio, molte franchigie e privilegi.

Sotto gli Svevi prosperò il commercio, e gli scillesi raggiunsero i porti dell'oriente e dei principali centri dell'Adriatico. Salito al potere Manfredi, Pietro Ruffo, conte di Catanzaro, nel 1255 fortificò il castello. Cessato il dominio degli Svevi, per oltre due secoli, Scilla subì sia il dominio degli Aragonesi sia quello degli Angioini. Nel 1421 il castello fu donato alla dinastia Aragonese.

Nel 1783 un terribile terremoto distrusse quasi completamente Scilla. Nel 1806 fu la volta dei Francesi ad occupare Scilla, ma il 16 luglio dello stesso anno furono scacciati dagli Inglesi. Il 17 febbraio 1808 ritornò nuovamente in mano ai Francesi..Nel 1860 sulla spiaggia scillese vi fu lo sbarco dei Mille guidati da Giuseppe Garibaldi. Nel 1908 un nuovo terribile cataclisma la rase completamente al suolo.